Začiatkom roka 2004 nezávislý monitorovací tím podal podnet ministrovi spravodlivosti s požiadavkou iniciovať proces prípravy systému opatrení na ochranu pred netransparentnosťou, zneužívaním a konfliktom záujmov pri rozhodovaní a správe fondov EÚ na Slovensku. Tento podnet sa stretol s pochopením rezortu spravodlivosti a minister Lipšic poveril Odbor boja proti korupcii Úradu vlády SR úlohou zdokumentovať kvalitu legislatívy v tejto oblasti a jej funkčnosť v reálnej praxi.
Výsledkom bolo vypracovanie Správy o záveroch a odporúčaniach vyplývajúcich z dotazníka “Právna ochrana pred netransparentnosťou, zneužívaním a konfliktom záujmov vo vzťahu k rozhodovaniu o využívaní fondov EÚ v SR” a prijatie vládneho uznesenia, ktoré uložilo všetkým výkonným orgánom zainteresovaným do programovania a implementácie fondov EÚ uplatňovať systém opatrení navrhnutých v správe. Okrem toho bolo konečne prijaté jasné a prísne pravidlo zákazu konfliktu záujmov, ktorej dôsledné dodržiavanie by vyriešilo väčšinu problémov, s ktorými sa na Slovensku stretávajú uchádzači o podporu z fondov EÚ. Slovensko, dovtedy často uvádzané ako odstrašujúci príklad v oblasti manažmentu fondov EÚ, sa po prijatí tohto uznesenia začalo na medzinárodných fórach spomínať v inom svetle a celý proces bol označený ako príklad dobrej praxe.
Priatelia Zeme-CEPA, ktorí koordinujú nezávislý monitorovací tím, vyhodnotili dodržiavanie týchto pravidiel v období rokov 2004 až 2006 a na základe vyhodnotenia spracovali odporúčania na ďalšie zlepšenie rozhodovania o využívaní fondov EÚ v SR.Tieto odporúčania budú predložené zodpovedným pracovníkom Ministerstva výstavby a regionálneho rozvoja a podpredsedovi vlády pre vedomostnú spoločnosť, európske záležitosti, ľudské práva a menšiny.
Ďalšie informácie o fondoch EÚ a aktivitách nezávislého mimovládneho monitorovacieho tímu nájdete na http://www.eufondy.org.