Podľa pôvodného návrhu Európskej komisie mala Únia v uvedenom období prispieť do Medzinárodného fondu na podporu odstavenia Bohuníc 237 miliónov eur. Táto suma bola určená na základe príspevkov Únie z obdobia do roku 2004, ktoré boli podľa Priateľov Zeme-CEPA podhodnotené. Príčinou bolo podcenenie odhadov nákladov na odstavenie bohunickej elektrárne v minulosti, nedostatočné vyjednávanie Slovenska pred vstupom do Únie a následné špekulovanie o termíne odstavenia počas obdobia ministra Ruska, namiesto sústredenia sa na navýšenie prostriedkov z Únie. Medzinárodný fond na podporu odstavenia Bohuníc, ktorý spravuje Európska banka pre obnovu a rozvoj, je jediným verejným zdrojom z ktorého sa v súčasnosti vykrýva deficit v slovenskom Štátnom fonde likvidácie jadrovoenergetických zariadení (ŠFL JEZ).
Mimovládne organizácie Priatelia Zeme a Za matku Zem vo februári upozornili, že deficit v ŠFL JEZ nedokáže slovenská vláda vykryť ani s pomocou príspevkov EÚ. Skonštatovali, že sa ministerstvo hospodárstva preto snaží ťarchu jeho vykrytia plne preniesť na slovenských spotrebiteľov elektriny. Podnetom mimovládnych organizácií sa už zaoberá Európska komisia (EK), ktorá však musí počkať na návrh nového zákona o financovaní ŠFL JEZ. Ministerstvo hospodárstva však s jeho prípravou výrazne mešká.
Podľa Priateľov Zeme-CEPA neriešilo ministerstvo hospodárstva reštrukturalizáciu ŠFL JEZ dostatočne razantne, keď bol tento problém aktuálny. Namiesto toho vyčkávalo, akú pozíciu zaujme potenciálny budúci vlastník a prevádzkovateľ jadrových elektrární. Výsledkom je, že investičný plán pre Slovenské elektrárne, ktorý vypracovala talianska spoločnosť Enel, údajne očakáva, že príspevky do ŠFL JEZ nebudú v budúcnosti ani napriek obrovskému deficitu v tomto fonde rásť. „Takáto požiadavka súkromného investora vytvára riziko, že deficit v ŠFL JEZ sa ešte viac prehĺbi. Prakticky to môže znamenať, že spotrebitelia energie na Slovensku budú nepriamo financovať zisk súkromnej energetickej firmy,“ vysvetľuje Peter Mihók z Priateľov Zeme-CEPA.
„Deficit v ŠFL JEZ fonde vznikol najmä z dôvodu nízko stanovených odvodov pre Slovenské elektrárne v minulosti. Elektrárne tak dosahovali vyššie zisky. Jeho dodatočné vykrytie z vynútených príspevkov od spotrebiteľov elektriny je možné považovať za štátnu pomoc, preto sme sa obrátili na EK. Je dôležité, aby ešte pred ukončením predaja elektrární Enelu nezávislý orgán vyčíslil odhad deficitu v ŠFL JEZ, a problém deficitu sa riešil v súlade s pravidlami Únie o štátnej pomoci. Výška dotácie z verejných zdrojov musí byť podľa nich vopred známa“ poznamenal Mihók.
Priatelia Zeme-CEPA považujú za problematické uznesenie vlády č. 626/2004 k návrhu privatizácie Slovenských elektrární, podľa ktorého by nemali ročné príspevky do ŠFL JEZ na obdobie rokov 2005 - 2009 presiahnuť úroveň príspevku plateného elektrárňami v roku 2004. „Súčasný deficit v ŠFL JEZ by mali vykryť prostriedky od Únie a prostriedky získané z predaja Slovenských elektrární. Dôležitejšie však je, aby parlament zvýšil budúce príspevky Slovenských elektrární tak, aby plne pokryli alikvotnú výšku všetkých nákladov spojených s likvidáciu jadrových elektrární. Je morálnou povinnosťou slovenských politikov vytvoriť také podmienky, aby sa na likvidáciu súčasných jadrových elektrární nemuseli dodatočne zaťažovať budúce generácie daňovníkov," uzavrel Mihók.