V „ministerskej verzii“ APEPu z 15. 2. 2005 boli vypustené prakticky všetky záväzné a akčné prvky, chýbali adresné záväzky, časový rámec ich napĺňania ako aj priority optimalizácie kontrolno-certifikačno-inšpekčného (KCI) systému, ochrany pred GMO (geneticky modifikovanými organizmami), založenia koordinačného AEC centra ako aj vypustené mnohé kľúčové body napr. v oblasti vzdelávania či výskumu. S takýmto deklaratívnym dokumentom MVO jednoznačne nesúhlasia a vypracovali pripomienky, ktorých znenie nájdete v priloženom dokumente. Následná, súčasne vypracovaná verzia Ing. Trebatického z 15. marca (ktorá údajne bola predložená vedeniu MPSR) síce zohľadnila otázku GMO, ale ostatné body ostali v podstate nezapracované.